麻醉学系成立于2001年，是以西南医科大学附属医院麻醉科、重症医学科以及疼痛科为依托，集医疗、教学和科研于一体的教学院系，有麻醉学本科专业和麻醉学专业硕士学位授权点。《临床麻醉学》是省级精品课程，麻醉学科是四川省品牌建设学科，麻醉学专业为四川省一流本科专业，国家级特色建设专业，2021年重症医学科获批国家重点专科建设项目，2022年麻醉学专业获批国家级一流本科专业建设点。麻醉学教学团队是省级教学团队。麻醉科教师党支部“周军工作室”获批四川省高校“双带头人”工作室； 入选教育部授予的全国高校“双带头人”教师党支部书记“强国行”专项行动团队。

麻醉学系教师团队中现有正高级职称教师9人，副高级职称教师20人，博士15人，硕士92人，留学经历教师15人，硕士研究生导师24人，博士生导师4人，中华医学会麻醉学分会等国家级学术机构委员3人，四川省医学会麻醉学分会等省级学术机构主委2人，副主任委员4人，四川省学术技术带头人、天府名医、省突出贡献优秀专家等省级专家6人。学科带头人王晓斌获教育部“全国优秀教师”荣誉称号，危重病医学教研室刘勇老师获全国抗击新冠肺炎疫情先进个人，党总支书记余丹获四川省高校辅导员年度人物提名。主持完成省级成果3项，其中《氯胺酮的快速抗抑郁作用及机制研究》以第一主研获四川省政府科技进步二等奖。以第一和通讯作者发表学术论文100余篇，其中SCI论文30余篇，先后主持国家级和省部级科研项目5项，其它厅局市级课题多项。担任十四五规划教材《麻醉设备学》主编、《麻醉学》编委、《Anesthesia＆Analgesia》杂志中文版编委，系主任周军担任《国际麻醉学与复苏杂志》青年编委。2021年发布的麻醉学专家国际论文学术影响力进入100强（69位）。与上海交通大学等多所知名高校附属医院合作，打造优质实践教学基地。

麻醉学专业毕业生执业医师考试通过率连续10年高于全国平均水平，稳居全国前列；近三年应届毕业生平均考研升学率达47.5%，多名学生被北京大学、北京协和医学院、首都医科大学、上海交通大学、复旦大学、中山大学等知名高校录取攻读硕士研究生。毕业生广泛分布在全国各地各级医院、世界知名大学和科研院所。麻醉学系团总支先后获评四川省高校团支部榜首团支部、四川省五四红旗团支部、全国高校“活力团支部”最具引领力top100榜，学生志愿项目《hello小白——关爱白血病儿童志愿服务项目》获第六届中国青年志愿服务项目大赛银奖、《树袋熊宝的手术室——农村困境儿童围术期关爱志愿服务项目》获第七届中国青年志愿服务项目大赛金奖，医学生志愿者毕业后继续服务于全国各地志愿项目，毕业生美誉度不断提升。