2001年设立医学检验本科专业，2005年成立医学检验系，同年获批“临床检验诊断学”硕士学位授权点，2011年在四川省一本招生，2013年、2014年、2020年及2022年相继获批四川省教育厅“本科专业综合改革试点”专业、“国家住院医师规范化培训基地”、四川省“一流本科”专业建设点及国家级“一流本科”专业建设点。近年软科排名B+，拥有国家级一流课程1门，省级一流课程2门，是一所以西南医科大学附属医院医学检验部、输血科为依托，集医疗、教学和科研于一体的本-硕-博培养教学院系。

现有教师100余人，其中教授28人；博士16人，硕士58人；博士生导师1人，硕士生导师11人，拥有多名国家(省级)专委会主任委员、副主任委员、四川省学术和技术带头人后备人选、四川省卫健委学术技术带头人及后备人选、承担国自然、省部级等各级课题20余项，发表SCI论文100余篇，申请国家发明专利(含实用新型)30余项，其中授权10余项，主编或参编国家级、省级教材11部。获中华医学会科技奖三等奖1项、四川省科技进步奖二等奖1项，四川省医学科技奖二等奖2项等，在精准医学检验全程溯源关键技术研究与应用领域处于国内先进水平。

         医学检验系依托四川省临床疾病分子诊断工程技术研究中心、泸州市临床检验中心、泸州市临床检验质量控制中心，自主研发全息条形码医学检验信息系统和实验室试剂全程管理系统，设立国内首创的检验咨询(系统)门诊，创建检验信息与咨询和医学大数据资源共享服务平台，已形成医理交叉学科下衍生与拓展的协同育人机制，构建了适用于医疗、IVD的应用复合型人才培养模式，毕业生质量在区域内有很高的社会声誉，在行业内发挥了良好的桥梁骨干作用。