康复医学系成立于2011年，和西南医科大学附属医院康复医学科实行“系科合一”办学模式，建设有康复医学与工程泸州市重点实验室。康复医学科是国家级康复医学住院医师规范化培训基地、四川省康复治疗师和康复专科护士规范化培训基地、四川省医学甲级重点学科(康复医学)、中国康复医学会重症康复专科培训基地。有康复治疗学本科专业、康复治疗学第二学士学位专业和康复医学与理疗学专业硕士学位授权点，四川省康复医学临床重点专科。

康复医学系共有教师98人，有教授、副教授9人，硕士研究生导师8人，博士10人(含在读博士),硕士26人，四川省卫健委学术技术带头人1人，四川省“卫生健康英才计划”中青年骨干人才2人，泸州市十大名中医1人，国家级学会常委1人，委员6人，省级学会会长和副主任委员3人，并聘请北京大学第三医院周谋望教授为我系客座教授。下设临床康复医学、物理治疗学、作业治疗学3个教研室以及康复医学综合实验室。康复治疗学专业是四川省一流本科专业建设点；《循证康复教学案例》入选教育部主题案例立项，《康复医学》是校级精品课程、校级精品资源共享课程、省级应用示范课程和全国医学专业学位研究生教育指导委员会研究生在线课程建设与教学研究重点课题。

康复医学科现编制床位108张，设有神经康复、骨科康复、儿童康复、心肺康复、疼痛康复、运动康复、传统康复等亚专业方向。拥有神经电生理评定技术、肌骨超声评定技术、等速肌力评定与训练技术、经颅磁刺激诊疗技术、联合心肺运动测试与训练技术、虚拟现实技术、三维步态与运动分析技术、平衡功能评定与训练技术、神经发育疗法、运动再学习疗法、镜像疗法、各种冲击波疗法、各种康复机器人疗法、温度感觉分析仪技术、关节松动术、作业治疗技术、心肺物理治疗技术、言语障碍治疗技术、假肢矫形技术及肌内效贴技术等先进而齐备的康复特色诊疗技术。