儿科学专业起源于2002年临床医学儿科专业方向，2016年教育部批准为本科专业，2017年成立儿科学系。现有儿科学博士及硕士学位授权点、以及小儿外科学、新生儿重症儿童护理硕士学位授权点。2017年、2020年先后与澳门科技大学、暨南大学联合培养博士研究生，2022年开始招收“儿科学”专业学位博士研究生。是国家级新生儿围产期专科医师基地、国家儿科住院医师培训基地，国家首批小儿血液病定点医院，四川省首批临床重点专科，四川省新生儿特色保健专科，四川省儿科专业医师培养基地、四川省小儿外科住院医师规范化培养基地，四川省出生缺陷临床医学研究中心，四川省危重新生儿救治中心、四川省小儿先心病治疗定点医院，四川省残疾儿童手术矫治定点和负责单位、四川省留守儿童矮身材天使童行基金免费救助定点医院。2004年成功开展四川省首例连体婴儿分离手术。是四川省医学会儿科学专业委员会前任主任委员单位，四川省小儿外科医师协会会长单位。

现有专任教师99人，其中高级职称29人，博士18人，教师队伍中具有硕士以上学位占比89%。博士研究生导师3人，校内硕士生导师13人，兼职硕士生导师7人。担任全国和省市学术团体职务18人，其中中华医学会儿科学分会全国委员1人及学组委员4人；中华医学会小儿外科学会委员2人，肛肠委员1人；中国医师协会儿科医师分会、新生儿科医师分会全国委员2人；中国妇幼协会微创学会委员3人；四川省儿科专委会前任主任委员1人、副主任委员1人、青委会副主任委员1人；四川省围产医学专委会副主任委员1人、委员和青年委员各1人；四川省小儿外科学会副主任委员1人、委员2人；四川省医师协会儿科医师分会副会长2人；四川省护理学会儿科护理专委会主任委员1人；四川省小儿外科医师协会会长1人；四川省康复医学会加速康复外科分会副会长1人。享受国务院特殊津贴的专家2人、四川省学术技术带头人2人、四川省学术技术后备人才1人，四川“天府青城计划”天府名医2人，四川省卫生健康首席专家 1 人，四川省卫生计生领军人才2 人、四川省有突出贡献的优秀专家1人、四川省卫生健康学术和技术带头人8人。有5位专家分别担任《中国当代儿科杂志》《中华实用儿科临床杂志》《中华新生儿科杂志》《临床儿科杂志》《中国小儿血液与肿瘤》《儿科药学杂志》《解放军医学杂志》《西部医学》《重庆医学》《西南医科大学学报》《国际输血及血液学》等13种杂志编委。近五年承担各级科研项目50余项，其中国家自然科学基金3项，国家卫健委基金1项，省部级课题16项；获四川省人民政府科技进步三等奖1项，四川省医学科技进步二等奖3项；发明专利17项；主编或参编教材和专著15部。近5年发表论文150余篇，其中SCI收录60余篇。

儿科学专业为五年制一本招生专业，现有在校本科学生725人，全日制硕士研究生77人，全日制博士研究生8人，近10年累计培养硕士研究生150余人。儿科学系始终围绕“人才培养”根本目标，以本科教育教学质量提升和学科建设为抓手，持续加强儿科学系内涵外延建设。以“岗位胜任力为导向，以人为本、因人施教、兼顾社会需求的个性化人才培养”为办学理念。开设了《儿科学》《小儿内科学》《小儿外科学》《儿童保健学》《儿科学高级教程》五门专业课程，其中《儿科学》是四川省精品课程。拥有西南医科大学附属医院、复旦大学附属厦门儿童医院、绵阳市中心医院、绵阳市儿童医院、自贡市妇幼保健院、重庆市江津区妇幼保健院等三级甲等综合或专科医院作为实习基地。

儿科学系下属儿童医学中心拥有病床275张，是四川省省级临床重点专科（等级“优秀”），临床专科服务能力“A++”，中心共设置儿童呼吸与血液肿瘤科、儿童心脏与消化内分泌科、儿童神经与肾脏免疫科、儿童重症科、小儿外科、儿童保健科、新生儿科、儿童急诊。开设新生儿、小儿血液、心血管、泌尿、神经、急诊与重症、感染与消化、小儿外科以及儿童保健、康复等专科，是川滇黔渝结合部儿童医学中心。

        拥有儿科学、围产医学（新生儿学）两个四川省医学重点学科；拥有专职科研平台1个，即四川省出生缺陷临床医学研究中心专职科研平台。中心已形成以下科研方向：1.儿童血液遗传病的基础与临床研究；2.围产儿先天缺陷发生的机制研究；3.从整体和分子层面进行发育源性疾病的基础研究；4.儿童先天结构畸形与功能缺失的诊治研究。依托四川省出生缺陷临床医学研究中心专职科研平台和省级重点医学学科培养学术型儿科人才，依托国家级专科医师、住院医师住培基地培养专业型儿科人才，依托新生儿重症护理硕士学位授权点以及儿科、新生儿专科护士培训基地培养儿科高层次实用型护理人才，已成为西南地区重要的儿科人才培养高地。